Renesanční přestavby
Největšími stavebními změnami prošel helfštýnský palác v období renesance. Někteří tyto stavební změny a příklon k italskému slohu připisují době panování Petra Voka z Rožmberka. Mohl to být právě Vok, kdo se zasadil o vrcholně renesanční úpravu tohoto rozsáhlého objektu.
I přes nynější torzální stav můžeme v paláci nalézt některé drobné prvky štukatur plně korespondující s výzdobou zámků Český Krumlov či Kratochvíle, na nichž pro Rožmberky tvořil Baldassare Maggi. Pro podobu paláce je renesanční jednotný plán s pravidelným rytmem pravoúhlých oken s profilovanými římsami dodnes zásadní. Jednotný stavební plán a pozůstatky sgrafitové fasády svědčí o mimořádně vysoké úrovni architektury 16. a 17. století inspirované florentskými vzory.
Před Rožmberky o Helfštýn pečovali páni z Ludanic. Půta z Ludanic a na Rokytnici hrad koupil společně s městem Lipníkem a 24 okolními vesnicemi od Pernštejnů za 30 000 kop grošů českých. Od roku 1559 držel Helfštýn Václav z Ludanic. Éra rodu Ludaniců na Helfštýně však trvala krátce. Václav z Ludanic zemřel ve Vídni roku 1571 a jedinou dědičkou rozsáhlého majetku se stala v té době asi pětiletá Václavova dcera Kateřina z Ludanic.
V roce 1580 pojal Kateřinu z Ludanic za choť zmíněný jihočeský šlechtic (v té době již čtyřicetiletý) Petr Vok z Rožmberka. Petr Vok přenechal správu panství svým úředníkům, přesto s Kateřinou na Helfštýn v letních měsících zajížděli. Pragmatickým vysvětlením dlouhých cest z jižních Čech na Helfštýn byla nutná kontrola majetku a pravidelné
zápisy do zemských desek v Olomouci.
Kateřina z Ludanic (* 1565–1567?) se stala jedinou dědičkou rozsáhlého majetku. Jejího nízkého věku zneužil její poručník Zachariáš z Hradce, s vidinou snadného zisku ji nechal v roce 1574 prohlásit za plnoletou a majetek začal „spravovat po svém“.