Dietrichsteini
V době povstání střežila Helfštýn patrně nějaká vojenská posádka, protože si sem někteří šlechtici z okolí ukládali cennosti, ale válečné události se hradu vyhnuly. V říjnu 1621 za vpádu Jana Jiřího Krnovského na Moravu se před Helfštýnem a Lipníkem objevili vzbouření Valaši v čele s emigrantem Janem Adamem z Víckova a císařská posádka jim vydala hrad bez boje.
Valaši na Helfštýně hospodařili až do ledna 1622 a důkladně jej vyplenili. Po jejich odchodu hrad znovu obsadili císařští vojáci a ti mohli hrad odevzdat v červnu 1622 novému majiteli, Ditrichštejnovi. Horší vrchnosti se měšťané v Lipníku, v drtivé většině evangelíci, i poddaní ve vesnicích na Helfštýnském panství nemohli dočkat. Ditrichštejn, vystupující před povstáním i po povstání jako hlava katolické strany, byl proslulý bezohledným prosazováním protireformace i chamtivým vykořisťováním poddaných. Už v červenci 1622 poslal na Helfštýnské a hranické panství jezuitu Jana Drachovského, aby připravil půdu pro protireformaci, a v nelítostném postoji k poddaným nezůstávali pozadu ani panští úředníci na Helfštýně. Když na podzim 1626 přitáhl na Moravu s dánským vojskem generál Mansfeld, vypuklo podle vlastního přiznání Ditrichštejnova na celém helfštýnském panství povstání proti nenáviděné vrchnosti. Mansfeld hrad nedobyl, když však pominulo nebezpečí, přestěhoval Ditrichštejn správní aparát panství z Helfštýna. do Lipníka a brzy poté se začalo Helfštýnské panství nazývat lipenským. Válečné události přinesly obyvatelům panství nesmírné škody a kdysi dobře prosperující Helfštýnský statek byl roku 1643 označován v usnesení moravského sněmu za zpustošený.
Císařská posádka na Helfštýně zůstala až do konce třicetileté války.
Bylo určitým paradoxem, že jedním z jejích velitelů byl Štěpán Bruntálský z Vrbna, mladší bratr Jiřího z Vrbna, který konvertoval ke katolicismu. Roku 1643 dokázal právě tento císařský důstojník odolat obléhání švédského vojska, kterému velel generál Torstenson, Helfštýn se však nepodařilo Švédům dobýt ani roku 1645. Pozdně gotická pevnost se ukázala jako vynikající dílo vojenské obranné techniky i po půldruhém století za změněných podmínek válčení. Když válka skončila, ditrichštejnská vrchnost neprojevovala valný zájem o další údržbu nerentabilního vojenského objektu, ale nesouhlasila, aby byl Helfštýn podle návrhu zemské vlády zbořen, protože by mohl v případě nenadálé války posloužit nepříteli. Roku 1656 bylo přikročeno k poměrně rozsáhlým demoličním pracím, které sice opevnění Helfštýna příliš nepoškodily, ale zbavily jej s konečnou platností rázu panského sídla. A tím začala dlouhodobá zkáza hradu.
Za turecké ofenzívy roku 1663 a znovu za Tökölyho povstání v Uhrách roku 1680 dostal hrad znovu císařskou posádku, jejíž velitelé dali opevnění alespoň provizorně opravit. Tehdy vzniklo v předpolí hradu jednoduché podhradní opevnění, v němž nacházeli útočiště poddaní z vesnic se svým skromným majetkem. O dalekosáhlejších úpravách hradu v moderní pevnost uvažovaly vládní úřady ještě za pruských válek v polovině 18. století, ale nakonec došlo jen k drobnějším stavebním pracem a po sedmileté válce se přestalo s Helfštýnem v systému zemské obrany počítat. Hrad pustnul dále a jeho zkázu urychlili ve druhé polovině 18. století i Ditrichštejnové demoličními pracemi. Tyto pokusy vyvrcholily roku 1817, kdy byla dělostřeleckou palbou poničena část vnitřního hradu.